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Filogenesi molecolare (non più attivato)

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Anno accademico 2022/2023

Codice dell'attività didattica
MFN0326
Docente
Massimiliano Delpero
Anno
1° anno 2° anno
Tipologia
A scelta dello studente
Crediti/Valenza
4
SSD dell'attività didattica
BIO/18 - genetica
Modalità di erogazione
Tradizionale
Lingua di insegnamento
Italiano
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Sommario insegnamento

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Programma



Basi molecolari dell’evoluzione: struttura, funzione e meccanismi evolutivi di geni e genomi

Cambiamenti evolutivi delle sequenze amminoacidiche, sostituzioni nucleotidiche sinonime e non sinonime, orologio molecolare
Cambiamenti evolutivi delle sequenze di DNA: stima del numero di sostituzioni nucleotidiche, stima numerica delle distanze evolutive, allineamento delle sequenze nucleotidiche
Alberi filogenetici: tipi di alberi filogenetici e metodi di ricostruzione filogenetica. Metodi di distanza (UPGMA, Neighbor Joining, ecc.), metodi di parsimonia (strategia di ricerca degli alberi di MP, alberi di consenso, pesatura dei caratteri, ecc.), metodi di maximum likelihood e di inferenza bayesiana (modelli di sostituzione nucleotidica e stima dei parametri)

Accuratezza e test statistici degli alberi filogenetici: principi di ottimizzazione e errori topologici (sistematici o stocastici), bootstrap, test delle differenze topologiche, vantaggi e svantaggi dei diversi metodi di ricostruzione filogenetica.
Applicazioni e limiti della sistematica molecolare: scelta della metodologia analitica, analisi combinate

Introduzione all’uso di banche dati molecolari e di software per l’inferenza filogenetica (PAUP, MEGA, ecc), l’allineamento e l’analisi delle sequenze.



Molecular basis of biological evolution: evolutionary mechanisms of genomes, DNA mutations and evolutionary change of proteins. Models of molecular evolution.
Molecular phylogenetics: approaches to the reconstruction of phylogenetic trees, distant clustering methods (UPGMA and Neighbor Joining), cladistic methods (maximum parsimony, cosensus trees, character weighting, etc.) maximum likelihood and bayesian methods. Accuracy and robustness of evolutionary trees: optimization criteria, topological errors, bootstrap method, pros and cons of different methods. Molecular clock.



Il corso intende fornire un’introduzione ai principi teorici e pratici dell’applicazione delle metodologie della genetica molecolare allo studio dell’evoluzione biologica.



Molecular Evolution and Phylogenetics, Nei M. e Kumar S., Oxford University Press, 2000



Prova orale durante la quale lo studente esporrà argomenti tratti da pubblicazioni scientifiche ottenute da una ricerca bibliografica personale. Dalla discussione che ne consegue si prenderà spunto per approfondire argomenti sviluppati durante il corso.



Non è richiesta nessuna propedeuticità.

La frequenza alle lezioni non è obbligatoria; per i corsi di laboratorio e le attività di esercitazione relative ai corsi la frequenza è obbligatoria e non può essere inferiore al 70% delle ore previste. 

Testi consigliati e bibliografia



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Note

Curriculum Ecologia Vegetale, Curriculum Conservazione e Biodiversità Animale, Curriculum Igiene dell’ambiente e del lavoro
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Ultimo aggiornamento: 15/10/2015 10:46
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