Laurea magistrale in Biologia dell'Ambiente

1- To supply the students with the appropriate knowledge to project different expression vectors, a scientific problem will be explained together with different scientific questions. The students will analyse the possible expression vectors that can be realized to answer to the different questions.
Every lesson will include a theoretic explanation concerning a specific goal, followed by a practical exercise at the computer to reach that objective. 
The students will (virtually) realize different constructs to express: the full length protein, a truncated protein, a protein fused in frame with the green fluorescent protein (GFP), or a TAG at the N or C terminus. The students will use different vectors (plasmidic, adenoassociated-viral, with or without an IRES sequence). The constructs will be projected in detail. During the course, the steps, the protocols, and the possible technical problems will be carefully discussed.
At the end of the course, the students should be able to find out data banks, to project an expression vector and all the necessary steps to obtain it, to design primers, to set up an RT-PCR reaction, a ligase reaction, a restriction enzyme analysis to determinate the insert orientation, to analyse a nucleotide sequence, to understand experimental protocols, and kit or reagent attached instructions, to discuss the experiments that can be realized with the different expression constructs.

2-  We will discuss with the students the major technologies necessary to generate a transgenic (gene over-expression) or  knock out (gene deletion) or conditional-knock out (gene deletion in a specific cell/tissue or moment of embryogenesis or adult life) or inducible transgenic/knock out/conditional-knock out mouse. We will offer real examples to: 1) understand the discussed techniques; 2) perform the genetic screenings on Embryonic Stem Cells (ESCs) or on the mouse; 3) analyze the mouse phenotypes and interpret the results.  Papers related to genetically engineered mice will be assigned to the students, they will form groups (3-4 students) and present the papers (Journal Club format): a rich discussion should be main goal of the presentations. The students will also try to solve problems related to “transgenic-knock out” topics. Seminars from invited speakers working in the field will be offered during the course. At the end of the course the students should be able to interpret scientific articles about mouse models and to propose a written project for the generation of a mouse model. The students will be evaluated about the written project they will present.

1. fornire le conoscenze adeguate per progettare costrutti di espressione genica;
2. fornire gli strumenti per capire e criticare un articolo scientifico sulla generazione e utilizzo di animali transgenici.

1-Presentazione di un problema scientifico. Progettazione e realizzazione virtuale di costrutti per rispondere alle diverse domande. Analisi di tutti i passaggi e protocolli che devono essere utilizzati, discussione dei problemi tecnici che si possono incontrare.
Alla fine del corso l'allievo dovrà essere in grado di interrogare banche dati,  progettare un costrutto per l'espressione di una proteina ricombinante, comprendere protocolli sperimentali e istruzioni allegate a kit o reagenti.

2-Presentazione di esempi concreti dell’utilizzo degli animali transgenici tramite seminari e articoli scientifici. Elaborazione di una proposta scientifica per generare un topo che sovraesprima o che sia knock-out per un determinato gene a scelta (condizionale e/o inducibile). 

Il materiale didattico presentato a lezione è disponibile sul sito internet 
http://biologia.campusnet.unito.it/cgi-bin/home.pl

E’ fortemente consigliato l’utilizzo del seguente materiale per approfondimenti e integrazioni: presentazioni PPT e articoli scientifici dati a lezione.

Infine sono di seguito indicati altri siti internet di interesse:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php
http://www.bioinformatics.org/annhyb/

Alla fine del corso gli allievi dovranno presentare una relazione dettagliata riguardante l’attività svolta nel laboratorio di informatica e scrivere un progetto di sovraespressione o knock-out (eventualmente inducibile o condizionale) di un determinato gene.
In alcuni casi verrà proposto un breve esame orale per eventuali chiarimenti sulle relazioni.
Chi frequenta meno di 6 lezioni/esercitazioni (su 8) in aula informatica, oltre a presentare la relazione, dovrà sostenere un esame orale.

Non è richiesta nessuna propedeuticità.

La frequenza alle lezioni non è obbligatoria; per i corsi di laboratorio e le attività di esercitazione relative ai corsi la frequenza è obbligatoria e non può essere inferiore al 70% delle ore previste.