- Oggetto:
- Oggetto:
Filogenesi molecolare (non attivato nell'a.a. 2009/2010)
- Oggetto:
Anno accademico 2008/2009
- Codice dell'attività didattica
- S8938
- Docente
- Prof. Massimiliano Del Pero
- Corso di studi
- [f008-c234] laurea spec. in conservazione e biodiversita' animale - a torino
- Anno
- 1° anno
- Periodo didattico
- Quarto periodo
- Tipologia
- A scelta dello studente
- Crediti/Valenza
- 4
- Oggetto:
Sommario insegnamento
- Oggetto:
Obiettivi formativi
Lobiettivo del corso è quello di fornire unintroduzione teorica e pratica alla moderna sistematica molecolare e alle metodologie impiegate nello studio della storia evolutiva dei geni e degli organismi.- Oggetto:
Programma
Il programma del corso prenderà in esame i seguenti argomenti:
Basi molecolari dell’evoluzione: struttura, funzione e meccanismi evolutivi dei geni, mutazioni delle sequenze di DNA, uso preferenziale di codoni
Cambiamenti evolutivi delle sequenze amminoacidiche, tassi di mutazione e di sostituzione
Cambiamenti evolutivi delle sequenze di DNA: differenze nucleotidiche tra sequenze, stima del numero di sostituzioni nucleotidiche, stima numerica delle distanze evolutive, allineamento delle sequenze nucleotidiche
Sostituzioni nucleotidiche sinonime e non sinonime
Alberi filogenetici: tipi di alberi filogenetici, differenze topologiche e metodi di ricostruzione filogenetica. Metodi di distanza (UPGMA, Neighbor Joining, ecc.), metodi di parsimonia (strategia di ricerca degli alberi di MP, alberi di consenso, pesatura dei caratteri, ecc.), metodi di maximum likelihood (procedure di calcolo, modelli di sostituzione nucleotidica, stima dei parametri di una topologia)
Accuratezza e test statistici degli alberi filogenetici: principi di ottimizzazione e errori topologici (sistematici o stocastici), bootstrap, test delle differenze topologiche, vantaggi e svantaggi dei diversi metodi di ricostruzione filogenetica.
Orologio molecolare e test di tasso relativo
Sequenze nucelotidiche e amminoacidiche ancestrali: metodi di inferenza, evoluzione convergente e parallela
Applicazioni e limiti della sistematica molecolare: scelta della metodologia analitica, analisi combinate
Introduzione all’uso di banche dati molecolari e di software per l’inferenza filogenetica (PAUP, Phylip, MEGA), l’allineamento e l’analisi delle sequenze.
Testi consigliati e bibliografia
- Oggetto:
- Molecular Systematics, Hillis D.M., Moriz C. e Mable B.K. (editors), second edition, Sinauer Associates Inc. 1996
Molecular Evolution and Phylogenetics, Nei M. e Kumar S., Oxford University Press, 2000 - Oggetto:
