- Oggetto:
- Oggetto:
Biologia dei sistemi
- Oggetto:
Systems biology
- Oggetto:
Anno accademico 2017/2018
- Codice dell'attività didattica
- MNF1200
- Docenti
- Prof. Michele Caselle
Francesca Cordero - Corso di studi
- [f008-c501] LM in Biologia Cellulare e Molecolare (Classe LM-06)
- Anno
- 2° anno
- Periodo didattico
- I semestre
- Tipologia
- Affine o integrativo
- Crediti/Valenza
- 6
- SSD dell'attività didattica
- FIS/02 - fisica teorica, modelli e metodi matematici
INF/01 - informatica - Modalità di erogazione
- Tradizionale
- Lingua di insegnamento
- Italiano
- Modalità di frequenza
- Lezioni facoltative e esercitazioni obbligatorie
- Tipologia d'esame
- Scritto ed orale
- Prerequisiti
- Algoritmi allineamento
Algoritmi clustering - Oggetto:
Sommario insegnamento
- Oggetto:
Obiettivi formativi
Il modulo di “Analisi del trascrittoma” si propone di fornire agli studenti una visione approfondita dei moderni approcci
di analisi quantitativa e qualitativa del trascrittoma: Microarray e Next Generation Sequencing. Il modulo fornirà inoltre
agli studenti le competenze di base competenze per realizzare analisi di dati generati con microarray e con le nuove
tecniche di risequenziamento del genoma (Next Generation Sequencing).
Il modulo di sistemi complessi si propone di fornire agli studenti gli strumenti fisico-matematici necessari per studiare
in modo quantitativo sistemi biologici. Particolare attenzione sarà dedicata ai metodi di simulazione al computer ed ai
metodi di analisi basati sulla teoria dei networks.- Oggetto:
Risultati dell'apprendimento attesi
CONOSCENZA E CAPACITÀ DI COMPRENSIONE
Scrivi testo qui...CAPACITÀ DI APPLICARE CONOSCENZA E COMPRENSIONE
Scrivi testo qui...AUTONOMIA DI GIUDIZIO
Scrivi testo qui...ABILITÀ COMUNICATIVE
Scrivi testo qui...CAPACITÀ DI APPRENDIMENTO
Scrivi testo qui...- Oggetto:
Modalità di verifica dell'apprendimento
Il modulo di analisi del trascrittoma viene esaminato tramite esame scritto. Solo se tale prova è superata si accede all'esame orale del modulo di Sistemi complessi.
- Oggetto:
Programma
Microarray e tecniche statistiche di analisi
Algoritmi di analisi di Next Generation Sequencing
Network: struttura ed analisi
Systems Biology
Data Mining
Microarray platforms, Next Generation Sequencing platforms. Experimental design. Microarray: data acquisition and
primary analysis. Signal normalization. Data filtering. Differential expression techniques (Linear models, permutation
based statistics). Classification methodologies. Meta-analysis techniques. Next Generation Sequencing: algorithms for
short reads mapping.
Complex Systems:
Quantitative description of Biological Systems using mathematical and physical methods. In particular, after a short
introduction to Statistical Mechanics, we shall discuss the applications of network theory and computer simulations to
the study of complex biological systems.Testi consigliati e bibliografia
- Oggetto:
Il materiale didattico presentato a lezione è disponibile sul sito i-learning.
I testi base consigliati per il corso sono:
Per Analisi del trascrittoma:
Bioinformatics and Functional genomics 2nd ed. Jonathan Pevsner, Wiley-Blackwell
Per Sistemi Complessi:
An Introduction to System Biology, U. Alon, Chapman & Hall/CRC
Computational Biology . R. Blossey, Chapman & Hall/CRC- Oggetto:
Orario lezioni
Nota: Consultare la tabella degli orari pubblicata sull'apposita pagina
- Oggetto: