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Biologia dei sistemi

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Systems biology

Codice attività didattica
MNF1200
Docenti
Prof. Michele Caselle
Francesca Cordero
Corso di studio
[f008-c501] LM in Biologia Cellulare e Molecolare (Classe LM-06)
Anno
2° anno
Periodo didattico
I semestre
Tipologia
Affine o integrativo
Crediti/Valenza
6
SSD attività didattica
FIS/02 - fisica teorica, modelli e metodi matematici
INF/01 - informatica
Erogazione
Tradizionale
Lingua
Italiano
Frequenza
Lezioni facoltative e esercitazioni obbligatorie
Tipologia esame
Scritto ed orale
Prerequisiti
Algoritmi allineamento
Algoritmi clustering
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Sommario del corso

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Obiettivi formativi

Il modulo di “Analisi del trascrittoma” si propone di fornire agli studenti una visione approfondita dei moderni approcci
di analisi quantitativa e qualitativa del trascrittoma: Microarray e Next Generation Sequencing. Il modulo fornirà inoltre
agli studenti le competenze di base competenze per realizzare analisi di dati generati con microarray e con le nuove
tecniche di risequenziamento del genoma (Next Generation Sequencing).
Il modulo di sistemi complessi si propone di fornire agli studenti gli strumenti fisico-matematici necessari per studiare
in modo quantitativo sistemi biologici. Particolare attenzione sarà dedicata ai metodi di simulazione al computer ed ai
metodi di analisi basati sulla teoria dei networks.

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Risultati dell'apprendimento attesi

CONOSCENZA E CAPACITÀ DI COMPRENSIONE
Scrivi testo qui...

CAPACITÀ DI APPLICARE CONOSCENZA E COMPRENSIONE
Scrivi testo qui...

AUTONOMIA DI GIUDIZIO
Scrivi testo qui...

ABILITÀ COMUNICATIVE
Scrivi testo qui...

CAPACITÀ DI APPRENDIMENTO
Scrivi testo qui...

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Programma


Microarray e tecniche statistiche di analisi
Algoritmi di analisi di Next Generation Sequencing
Network: struttura ed analisi
Systems Biology
Data Mining


Microarray platforms, Next Generation Sequencing platforms. Experimental design. Microarray: data acquisition and
primary analysis. Signal normalization. Data filtering. Differential expression techniques (Linear models, permutation
based statistics). Classification methodologies. Meta-analysis techniques. Next Generation Sequencing: algorithms for
short reads mapping.
Complex Systems:
Quantitative description of Biological Systems using mathematical and physical methods. In particular, after a short
introduction to Statistical Mechanics, we shall discuss the applications of network theory and computer simulations to
the study of complex biological systems.


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Modalità di verifica dell'apprendimento

Il modulo di analisi del trascrittoma viene esaminato tramite esame scritto. Solo se tale prova è superata si accede all'esame orale del modulo di Sistemi complessi.

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Testi consigliati e bibliografia

Il materiale didattico presentato a lezione è disponibile sul sito i-learning.
I testi base consigliati per il corso sono:
Per Analisi del trascrittoma:
Bioinformatics and Functional genomics 2nd ed. Jonathan Pevsner, Wiley-Blackwell
Per Sistemi Complessi:
An Introduction to System Biology, U. Alon, Chapman & Hall/CRC
Computational Biology . R. Blossey, Chapman & Hall/CRC

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Orario lezioniV

Nota: Consultare la tabella degli orari pubblicata sull'apposita pagina

Registrazione
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    Oggetto:
    Ultimo aggiornamento: 04/06/2019 12:36
    Location: https://lmbiologia.campusnet.unito.it/robots.html
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