Laurea magistrale in Biologia dell'Ambiente

Microarray platforms, Next Generation Sequencing platforms. Experimental design. Microarray: data acquisition and
primary analysis. Signal normalization. Data filtering. Differential expression techniques (Linear models, permutation
based statistics). Classification methodologies. Meta-analysis techniques. Next Generation Sequencing: algorithms for
short reads mapping.
Complex Systems:
Quantitative description of Biological Systems using mathematical and physical methods. In particular, after a short
introduction to Statistical Mechanics, we shall discuss the applications of network theory and computer simulations to
the study of complex biological systems.

Il modulo di “Analisi del trascrittoma” si propone di fornire agli studenti una visione approfondita dei moderni approcci
di analisi quantitativa e qualitativa del trascrittoma: Microarray e Next Generation Sequencing. Il modulo fornirà inoltre
agli studenti le competenze di base competenze per realizzare analisi di dati generati con microarray e con le nuove
tecniche di risequenziamento del genoma (Next Generation Sequencing).
Il modulo di sistemi complessi si propone di fornire agli studenti gli strumenti fisico-matematici necessari per studiare
in modo quantitativo sistemi biologici. Particolare attenzione sarà dedicata ai metodi di simulazione al computer ed ai
metodi di analisi basati sulla teoria dei networks.

Il materiale didattico presentato a lezione è disponibile sul sito i-learning.
I testi base consigliati per il corso sono:
Per Analisi del trascrittoma:
Bioinformatics and Functional genomics 2nd ed. Jonathan Pevsner, Wiley-Blackwell
Per Sistemi Complessi:
An Introduction to System Biology, U. Alon, Chapman & Hall/CRC
Computational Biology . R. Blossey, Chapman & Hall/CRC

Il modulo di analisi del trascrittoma viene esaminato tramite esame scritto. Solo se tale prova è superata si accede
all'esame orale del modulo di Sistemi complessi.

Non è richiesta nessuna propedeuticità.

La frequenza alle lezioni non è obbligatoria; per i corsi di laboratorio e le attività di esercitazione relative ai corsi la frequenza è obbligatoria e non può essere inferiore al 70% delle ore previste.