Laurea magistrale in Biologia dell'Ambiente

The main objective of the course is to convey to the students the ability to:
1-analyze and interpret scientific papers concerning cell biology topics;
2-design constructs for the expression of recombinant proteins, taking into account all the necessary steps.

1- Of each paper, emphasis is given to the specific scientific question addressed, as compared to the status of art, then data, experimental approach and methods used are analysed.
The papers analyzed examine problems of cell biology, and confront issues such as:
a) cell communication and cell-cell interaction, with particular attention to the mechanisms and molecules (often receptors and ligands) involved in the regulation of attraction and repulsion, neuronal migration and axon pathfinding. For some receptors signal transduction, cross-talk, and ubiquitination are analyzed.
b) The nature and biology of stem cells, with emphasis on the molecular factors involved in the maintenance of “stemness” and those who drive the specification and differentiation of stem cells. Potential applications in the biomedical field will be also discussed.
Each paper is discussed using active learning techniques: students are invited to comment and to explain some parts and some techniques used by the authors.
Where the teacher observes omissions and inaccuracies, she helps students to fill them or correct them. Paper reading serves as a starting point for a thorough review and/or understanding of cellular and molecular biology techniques.

2- Through eight sessions in a computer room, students will simulate the design and construction of several plasmids and viral constructs to express a recombinant protein, both wild-type, and fused with GFP or a FLAG. Students will learn how to analyse the sequences in the database, how to align them, make exon-intron maps, draw primers; how to design reactions of RT-PCR, ligation and enzymatic digestion, analyze the obtained sequences, subclone the insert by a plasmid to another.

Additional exercises will be provided online on the Moodle platform.

Attraverso la lettura critica di alcuni articoli scientifici di biologia cellulare, gli studenti  imparano ad affrontare tematiche legate alla biologia della cellula, ed in particolare: a) alla comunicazione ed all’interazione cellula-cellula, con particolare attenzione ai meccanismi ed alle molecole coinvolte nella regolazione dell’attrazione e della repulsione, della migrazione neuronale, dell’axon pathfinding; b) alla biologia delle cellule staminali, con particolare attenzione ai fattori  coinvolti nel mantenimento della staminalità  e di quelli che guidano la specificazione ed il differenziamento delle cellule staminali. Saranno inoltre discussi potenziali applicazioni in ambito biomedico.
L’obiettivo principale è formare la capacità di analizzare ed interpretare in modo critico risultati dell’attuale letteratura scientifica. Per ciascun articolo gli studenti imparano a mettere in evidenza la specifica domanda scientifica, ad interpretare i dati, a discutere l’approccio sperimentale seguito dagli autori, ad approfondire la conoscenza dei metodi di indagine utilizzati in questo campo.
Attraverso una serie di esercitazioni, gli studenti imparano a progettare e realizzare (in maniera virtuale) diversi costrutti di espressione genica che consentono di rispondere alle possibili domande legate ad un problema scientifico.

Il materiale didattico presentato a lezione è disponibile sul sito internet, sulla piattaforma Moodle 

E’ fortemente consigliato l’utilizzo del seguente materiale per approfondimenti e integrazioni:

articoli scientifici

Infine sono di seguito indicati altri siti internet di interesse:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php

http://www.bioinformatics.org/annhyb/

Esame scritto e orale separati.

Non è richiesta nessuna propedeuticità.

La frequenza alle lezioni non è obbligatoria; per i corsi di laboratorio e le attività di esercitazione relative ai corsi la frequenza è obbligatoria e non può essere inferiore al 70% delle ore previste.