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Strutturistica di macromolecole e Proteomica

Codice attività didattica
MFN0386
Docenti
Corso di studio
[f008-c501] LM in Biologia Cellulare e Molecolare (Classe LM-06)
Anno
2° anno
Tipologia
Caratterizzante
Crediti/Valenza
7
SSD attività didattica
BIO/10 - biochimica
Erogazione
Tradizionale
Lingua
Italiano
Frequenza
Lezioni facoltative e esercitazioni obbligatorie
 
 

Programma

  • Programma
  • Programma in inglese
  • Obiettivi formativi
  • Testi consigliati
  • Modalità d'esame
  • Propedeuticità e Frequenza

STRUTTURISTICA
Classificazione delle strutture proteiche secondo Linderström-Lang, struttura supersecondaria, classificazione dei domini proteici– Test di ingresso
Proteine di membrana
Risoluzione della struttura tramite cristallografia a raggi X
Risoluzione della struttura tramite NMR
Protein dynamics: misura tramite i tempi di rilassamento NMR e la fluorescenza risolta nel tempo
Struttura delle proteine
-    confronti
-    classificazione
-    predizione
Predizione di funzioni proteiche tramite la sequenza e la struttura
Predizione di interazioni molecolari e strutura dei complessi proteici.
Esercitazioni pratiche di molecular modelling:
-    costruzione e valutazione di modelli proteici
-    ligand docking
-    docking di proteine e dominii
Protein folding:
-    concetti chiave e metodi
-    Termodinamica
-    Cinetica
-    Effetto di denaturanti su folding e unfolding
-    Il “molten globule”
-    Folding funnels
-    Folding patterns
-    Protein misfolding e chaperons
-    Proteins misfolding e patologie
Protein evolution:
-    Struttura modulare delle proteine
-    Evoluzione strutturale e funzionale di  proteine
-    Globine
-    NAD binding domains di deidrogenasi
-    Pigmenti visive e proteine correlate.

PROTEOMICA
Patterns di espressione di proteine
Background tecnico su:
-    2DE
-    DIGE
Scanning di gel 2DE, n. di replicati, analisi di immagine per
matching e analisi semiquantitativa
Spettrometria di massa (MS) per proteomica (Maldi, ESI, De novo sequencing). Analisi di dati.
ICAT e metodi quantitativi in spettrometria di massa Cromatografia liquida multidimensionale per proteomica (microcapillary liquid chromatography accoppiata con nanospray-ESI e tandem mass spectrometry) Shotgun approach
Modificazioni post-traduzionali: identificazione tramite proteomica (glicoproteomica, fosfoproteomica) con 2DE, MS e altre tecniche
Esempi di applicazioni della 2DE e MS a varie a caratterizzazioni di proteomica con finalità di ricerca e diagnostica in vari campi: presentazione di articoli recenti
Protein array e protein chip: overview sugli approcci disponibili e sui metodi di rilevamento del segnale (SELDI, SPR, fluorescenza).
Metodi di produzione di proteine per arrays, (high-throughput cloning of expression constructs)
Strategie di immobilizzazione e stabilizzazione di proteine per arrays e chip
Nanoarrays e nanotecnologie applicate allo sviluppo di protein chip
esempi di applicazioni di protein chip: presentazione di articoli recenti
Proteomica funzionale: activity based protein profiling (ABPP), teoria ed esempi.

 

Note

Curriculum Biomolecolare

Registrazione
  • Aperta
     
    Ultimo aggiornamento: 01/10/2012 14:23
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